水箱自洁消毒器是利用臭氧原理进行杀菌消毒，臭氧是一种强氧化剂，灭菌过程属生物化学氧化反应。O₃灭菌有以下3种形式：1›臭氧能氧化分解细菌内部葡萄糖所需的酶，使细菌灭活死亡。2›直接与细菌、病毒作用，破坏它们的细胞器和DNA、RNA，使细菌的新陈代谢受到破坏，导致细菌死亡。3›透过细胞膜组织，侵入细胞内，作用于外膜的脂蛋白和内部的脂多糖，使细菌发生通透性畸变而溶解死亡。