辣椒的根部病害主要有疫病、根腐病、枯萎病和青枯病等，病害发生后会造成辣椒死棵，甚至成片死亡，导致绝收。疫病、根腐病和青枯病是导致辣椒死棵的三种主要病害，要关注辣椒植株情况，及时对病害进行处理。
疫病主要在根茎部发生，病部变黑褐色并腐烂，根茎部缢缩。根腐病发生在根系，根系表皮腐烂，易剥落。青枯病常使木质部变褐，有时根茎中有菌液。三种病都是靠流水传播，湿度大时发病重。高温高湿的环境条件非常有利于这三种病害发生。
可用生物菌肥穴施预防，施了生物菌肥后，则不宜用杀菌剂进行灌根，以免将有益菌杀死。辣椒植株发病后，应及时用药灌根防治。青枯病可用DT500倍液。疫病可用普力克500倍液。根腐病可用多菌灵500倍液混加福美双500倍液。注意施药前避免浇水，以免病害蔓延。
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